氨基柱，全稱氨丙基鍵合硅膠色譜柱，色譜柱家族中較靈活的色譜柱，不僅可以用于正反相還可以應用于離子交換（弱陰離子交換柱）中。但是需要注意的是，氨基柱的鍵合官能團氨丙基要比C18,C8柱的鍵合官能團更容易水解，所以要特別注意控制pH值范圍，pH值越低越有發生水解的危險，流動相中水的比例越高當然也越有發生水解的危險（建議水比例不超過40%）。所以，在使用后以及準備長時間放置該柱時，必要的清洗和將氨基柱保存于純的有機溶劑中是很好的保養措施。
氨基柱的活化：
對于新氨基柱，首先應詳細閱讀使用說明書，了解柱子出廠保存溶劑。一般出廠會保存在正相溶劑中，如果保存溶劑與將要使用的流動相極性不同不互溶，先用異丙醇過渡。過渡過程中應注意異丙醇粘度較大，會導致柱壓很高，應使用小流速過渡。
當使用反相模式時，用前請使用異丙醇小流速過夜平衡色譜柱。流速建議0.1-0.2mL/min,之后再轉換到100%乙腈沖洗20柱體積，然后轉換到和流動相相同比例的不含鹽的乙腈水體系沖洗20柱體積。
當使用正相模式時，如與出廠保存溶劑互溶，可使用流動相直接沖洗20倍柱體積；如不互溶請用異丙醇過渡。
注意事項：
正相條件：正相使用時，不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于還原糖的分析
反相條件：pH值越低越有發生水解的危險，所以要嚴格控制pH范圍，使其pH范圍在2.0～8.0，通常建議使用范圍：pH3.0～7.0比較合適；
流動相中水相比例越高越有發生水解的危險，所以應盡量減少水在氨基柱上的保留，建議水相使用比例
短時間內，氨基柱可保存在純甲醇，乙腈或異丙醇中，若長時間不使用建議保存在異丙醇和正己烷試劑 中封存。
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